Prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D., je členem Akademické rady AV ČR, který je pověřen řešením otázek vědecké přípravy a spolupráce AV ČR s vysokými školami, včetně doktorských studijních programů, a spolupráce s resortními pracovišti. V této funkci působí od roku 2021, a je také předsedou Rady pro spolupráci s vysokými školami a přípravu vědeckých pracovníků AV ČR. Je aktivním vyučujícím, školitelem i členem oborových rad doktorských studijních programů v ČR i v zahraničí.